يقع مسجد الشيخين على يمين الخط النازل من سيد الشهداء وجنوبي مسجد المستراح على بعد ثلاثمائة متر منه وسمي بذلك لوقوعه في موضع الشيخين بين المسجد النبوي وجبل أحد. بات به النبي صلى الله عليه وسلم أثناء ذهابه إلى غزوة أحد، وصلى به العصر والمغرب والعشاء واستعرض فيه الجيش فأجاز البعض ورد آخرين. والله تعالى أعلم وأحكم